Het bodemleven vervult in de bodem een veelvoud aan processen en functies. Een van de eerst processen waar je aan denkt in combinatie met agrarische productie is het beschikbaar maken en leveren van nutriënten voor planten. Ook juist het vastleggen van nutriënten in de bodem zodat deze niet verloren gaan door bijvoorbeeld uitspoeling is belangrijk. Bodemorganismen, zoals bacteriën en regenwormen, zijn actieve deelnemers in de afbraak van organisch materiaal. Ze breken dood plantenmateriaal en bijvoorbeeld organische stromen (mest, compost etc) af tot de macronutriënten zoals stikstof, fosfor, kalium, zwavel, magnesium en calcium. Deze voedingsstoffen komen vervolgens weer beschikbaar voor planten om te groeien. Bodembiologie bevordert mineralisatie, waarbij de organische stoffen worden omgezet in anorganische voedingsstoffen. Dit proces is essentieel voor de opname van voedingsstoffen door planten.
Behalve dat de beschikbaarheid en vastleggen van nutriënten belangrijk is voor de beschikbaarheid van nutriënten voor planten en ander leven in de bodem, is een goede vastlegging ook belangrijk om weglekken naar grond- en oppervlaktewater of de lucht te minimaliseren.
Organismen in de bodem kunnen op verschillende manieren bijdragen aan het beschikbaar maken van nutriënten voor planten en andere organismen:
Nutriëntenomzetting: De chemische en fysische vorm waarin nutriënten beschikbaar zijn veranderd onder invloed van bodemorganismen. Met name schimmels en bacteriën spelen hier een rol in.
Herverdeling van nutriënten: De locatie en beschikbaarheid van nutriënten in de bodem kan veranderen, bijvoorbeeld doordat regenwormen dood plantenmateriaal de grond intrekken.
Assimilatie van nutriënten: Hieronder vallen bijvoorbeeld voedingsstoffen die door mycorrhiza-schimmels of stikstoffixerende microben worden opgenomen en voor planten beschikbaar worden gemaakt.