In dit handboek gaan we specifiek in op de Nederlandse situatie en richten we ons op minerale bodems. Bij het schrijven is uitgegaan van de connectie tussen bodembiologie en ziektewering voor akkerbouw(gewassen) en is beschreven wat we voor deze gewassen weten. In veel gevallen zal het ook mogelijk zijn om de concepten toe te passen op andere gewassen of landgebruiksvormen. De processen die beschreven worden kunnen zowel binnen een conventionele als biologische landbouwsystemen of alternatieve systemen zoals agro-forestry of regeneratieve landbouw geïnterpreteerd worden.
Bodem(micro-)biologie krijgt de laatste jaren steeds meer aandacht, toch is het van veel maatregelen nog niet goed bekend wat het effect op het (de verschillende groepen) bodemleven of de ziektewering van de bodem is. Anderzijds is van veel verschillende bodemorganismen nog onduidelijk hoe ze als groep bijdragen aan de processen in de bodem. In dit handboek beschrijven we de kennis die op dit moment bekend is en hoe die toegepast kan worden. We proberen zo veel mogelijk aan te geven wat we wel al weten en hoe dit gebruikt kan worden. Zo zijn bijvoorbeeld in H5 ook de maatregelen opgenomen waar we nog niet alles van weten, maar die in ieder geval kunnen helpen (zogenoemde no regret maatregelen).
In het beschreven van de effecten van maatregelen op het bodemleven; en van het bodemleven op de plant- en bodemeigenschappen richten we ons in het handboek handboek richten we met name op de bodemmicrobiologiemicrobiologie (bacteriën en schimmels), nematoden en regenwormen in de bodem. Hogere trofische niveaus in het (bodem)voedselweb en bovengrondse organismen, zoals spinnen en roofmijten, worden buiten beschouwing gelaten, alhoewel deze mogelijk via het voedselweb ook beïnvloed worden.