Voordeel van de SNP ten opzichte van de micro is dat voor de genotypering geen afzonderlijke analyses voor elke merker nodig zijn, maar omdat het puntmutaties zijn en dus niet in lengte verschillen, kunnen ze in één keer gegenotypeerd worden. Het is veel eenvoudiger te automatiseren en dus veel goedkoper.
Nadeel van de SNP ten opzichte van de micro is dat de SNP slechts 2 allelen heeft. Als maatstaf voor genetische diversiteit is een enkele SNP niet erg bruikbaar, terwijl een enkele micro al substantiële informatie kan geven over genetische verschillen in een groep dieren. Voor dezelfde hoeveelheid informatie over genetische variatie heb je een aantal SNP's nodig.
Micro's worden doorgaans gebruikt in biodiversiteitsstudies bij soorten waar geen SNP-chips met een groot aantal SNP's beschikbaar zijn.