De kern van de biologische bedrijfsvoering in de veehouderij (dierlijke productie) is
- Dieren: komen zoveel mogelijk uit de biologische keten, dus van opfok op eigen bedrijf of van een andere biologisch (opfok)bedrijf.
- Rassen die tegen een stootje kunnen: biologische veehouders werken vaak met andere rassen of fokken door op andere kenmerken, zodat dieren beter passen is de biologische houderij en keten. Het gaat dan om robuustere rassen met een betere ruwvoer-opname en langere levensduur, b.v. dubbeldoel-koeien die na een langere levensduur nog een hogere restwaarde hebben.
- Antibiotica niet preventief, alleen curatief: antibiotica mogen niet preventief worden gebruikt; het antibioticagebruik is daardoor veel lager. Ziekten worden zoveel mogelijk voorkomen, b.v. door andere houderij-systemen en het gebruik van robuustere vee-rassen, en waar mogelijk worden alternatieve middelen gebruikt. De biologische veehouderij draagt daardoor aantoonbaar minder bij aan de opbouw van antibiotica-resistentie.
- Dierenwelzijnseisen: zijn strenger dan in de gangbare landbouw. Daarom voldoen producten uit de biologische veehouderij altijd aan het driesterren-beter leven - keurmerk (n.b. niet alleen door de eisen aan de houderij maar ook aan de volgende stappen in de keten, b.v. de slachterij). Deze eisen verschillen uiteraard per diergroep. Het gaat echter altijd om meer ruimte per dier en meer mogelijkheden om natuurlijk gedrag tot uitdrukking te laten komen. Snavelkappen is niet toegestaan. In de biologisch-dynamische veehouderij is ook onthoornen niet toegestaan.
- Uitloop buiten, weidegang: is (vrijwel) altijd verplicht. De eisen hieraan verschillen per diergroep. Biologische koeien hebben altijd weidegang.
- Minimale slachtleeftijd: deze is per diergroep bepaald.
- Diervoeder biologisch: het gebruikte diervoeder is (vrijwel helemaal) van biologische herkomst, uit eigen teelt of ingekocht. Voor graasdieren geldt: 100% biologisch (hulpstoffen uitgezonderd), ten hoogste 40% van het rantsoen is krachtvoer en ten minste 60% van het voer is afkomstig van het eigen bedrijf of uit de regio. Voor varkens en pluimvee geldt: 5% van het voer mag nog uit gangbare ingrediënten bestaan, en ten minste 20% van het voer is afkomstig van het eigen bedrijf of uit de regio. Kippen en varkens moeten ook ruwvoer aangeboden krijgen (daarvoor geldt geen minimum). In de biologisch-dynamische veehouderij geldt: minimaal 80% van het voer van eigen bedrijf.
- Mest biologisch gebruiken: mest is in de biologische landbouw een essentieel onderdeel van de kringloop. Biologische bedrijven gebruiken een deel van de mest zelf en zetten evt. een deel af naar biologische akker- en tuinbouwbedrijven. Deze bedrijven vormen dus zoveel mogelijk een gesloten kringloop.