Genetische merkers kunnen voor een aantal toepassingen in een fokprogramma worden gebruikt.
Afstammingsverificatie met micro’s of met een beperkt aantal SNPs
Identificatie van genen, of genomische regio's, gerelateerd aan een bepaald kenmerk
Test op dragerschap van een bepaalde erfelijke aandoening waarvoor een DNA-test beschikbaar is
Genomic selection met een zeer groot aantal SNPs