In genomic selection programma’s van fokkerijorganisaties is een procedure opgenomen die de afstamming controleert wanneer de DNA-gegevens van een nieuw dier worden toegevoegd aan de DNA-gegevens van de fokpopulatie inclusief de ouders. Hier is de afstammingsprocedure gebaseerd op tegenovergestelde homozygoten. Het kan opnieuw worden geïllustreerd met deze figuur:
Bijvoorbeeld als het dier (pup in de tabel) homozygoot is voor allel 2 en de vader homozygoot is voor allel 1 dan moet er iets mis zijn. Het is duidelijk dat dit niet kan worden geconcludeerd wanneer een 50 k SNP-chip wordt gebruikt en slechts op één locus een inconsistentie tussen een ouder en zijn nakomelingen wordt gedetecteerd. Het kan dus een detectiefout zijn. Het kan verstandig zijn om een inconsistentie tussen een ouder en zijn nakomelingen te melden als er op één procent van de loci inconsistenties worden gevonden.