Voor alle diergroepen is heel veel over gezondheid en huisvesting te vinden in de stalboekjes.
Pluimveeketen
De biologische pluimvee-keten ziet er nu zo uit:
Vermeerdering, broederij en opfok gebeuren nu meestal in aparte bedrijven. De leghennenhouders kopen daar hun leghennen in. Onder de nu geldende regels hoeven de leghennen nog niet bij een biologisch bedrijf te worden ingekocht. Onder de nieuwe Verordening (volgens plan geldend vanaf 1 januari 2021) moet de hele keten biologisch worden, dus ook vermeerderingsbedrijven (moederdieren), broederij en opfok. Daar moeten de biologische kippenbedrijven nu naar toe werken.
Er zijn al wel biologische vermeerderingsbedrijven. Er is steeds meer belangstelling voor de ontwikkeling en vermeerdering van kippenrassen die beter geschikt zijn voor de biologische houderij. Dat zijn vooral wat robuustere kippen die zich beter houden in de vrije uitloop en met een betere ruwvoer-conversie. Ook is er steeds meer belangstelling voor zgn. dubbeldoel-rassen, met een hogere restwaarde na de leg-periode en betere vleeskenmerken van de haantjes (zie verder par. 4. )
Er is steeds meer bezwaar tegen de vernietiging van de manlijke kuikens meteen na het sexen. Er wordt gezocht naar alternatieven, waarbij de haantjes kunnen opgroeien tot een volwaardig product. Dat is een opgave voor de hele pluimvee-keten: er zijn andere rassen nodig (vermeerderingsbedrijven), er moeten bedrijven zijn die de opfok van de haantjes oppakken (in plaats van te werken met de gangbare rassen vleeskuikens), de slachterijen moeten de haantjes kunnen verwerken en er moet afzet voor zijn, dus vraag bij de consument. Ook dat laatste is niet zonder problemen. De afzet van hele haantjes loopt niet zo goed. Er wordt gewerkt aan meer bewerkte producten met haantjes-vlees (kip-burgers e.d.) die beter passen in het huidige voedingspatroon.
De keten-samenwerking die hiervoor nodig is wordt georganiseerd in de projecten Man-in de-pan en Mannelijke dieren (zie Verdieping). In de graasdierensector is er een vergelijkbaar probleem. Stierkalveren worden vaak afgevoerd naar gangbare mesterijen, bokjes hebben nauwelijks waarde. Ook hier is opfok binnen de biologische keten een opgave voor de hele keten en is deze sterk afhankelijk van de vraag van de consumenten. Daarom organiseert Bionext publiekscampagnes gericht op bekendheid en acceptatie van 'mannenvlees' uit de biologische keten.