8.15.2: Nauwkeurigheid van genomic selection (new)
- Tessa Jacobs
- Kor Oldenbroek
De nauwkeurigheid van een EBV hangt af van drie factoren: de erfelijkheidsgraad (h2) van de eigenschap, het aantal dieren (N) in de referentiepopulatie en een parameter genaamd q. De q is een populatie en eigenschap specifieke parameter die de informatie van de lengte van het genoom met de mate van inteelt voor dat kenmerk in die populatie combineert. Het is een schatting van het aantal onafhankelijke chromosoom segmenten. De SNP's die dicht bij elkaar op een chromosoom liggen zullen samen worden overgeërfd zonder dat recombinatie ertussen plaatsvindt. Hoe verder twee SNP's uit elkaar liggen, des te groter is de kans dat er recombinatie tussen beide plaatsvindt. Hoe hoger het inteeltniveau, des te hoger is het niveau van homozygositeit in het genoom en dus des te minder recombinatie zal resulteren in een verandering in de combinatie van SNP allelen tussen twee SNP's. Een onafhankelijk segment is een maatstaaf voor de kans dat er een recombinatie plaatsvindt dat resulteert in verschillende allelcombinaties. Hoe langer het genoom, des te meer onafhankelijke segmenten aanwezig zijn. Dit is een gecompliceerd verhaal. Voor nu is het genoeg om te weten dat q specifiek is voor een populatie en het verschillende waardes kan hebben voor verschillende eigenschappen. Details gaan te ver voor dit boek. In een formule kan de nauwkeurigheid van genomic selection als volgt uitgedrukt worden:
Dus:
De nauwkeurigheid van genomic selection hangt af van de erfelijkheidsgraad, het aantal dieren in de referentiepopulatie en een populatie parameter q die de relatie tussen de grootte van het genoom en de mate van inteelt weergeeft.