Het karteren van plantensoorten is een heel andere methodiek dan het karteren van vegetatie, al wordt het regelmatig wel tegelijkertijd uitgevoerd. Het vereist een andere manier van waarnemen, waarbij gelet wordt op voorkomens van bepaalde soorten zonder dat verschillen in bijvoorbeeld vegetatiestructuur of vegetatietypen per se van belang zijn. Met een soortskartering wordt de populatie van – een beperkt aantal – soorten in een bepaald gebied gedetailleerd vastgelegd. Het verschilt (in detailniveau en aanpak) van het maken van een - zo compleet mogelijke - lijst van soorten in een gebied, bijvoorbeeld in een kilometerhok (ook wel ‘hokken’ genoemd). In dat laatste geval wordt steekproefsgewijs een gebied (hok) doorkruist, waarbij de route zodanig wordt gekozen dat de meeste variatie in een hok is afgedekt, in de hoop alle aanwezige soorten te vinden. Alle soorten die worden aangetroffen worden één keer genoteerd.
Bij een soortskartering wordt elk voorkomen van een soort vastgelegd, gedetailleerder dan bij 'hokken'. Afhankelijk van de groeivorm en levenscyclus van de soort gaat het om het karteren van alle exemplaren, of bijvoorbeeld alleen de bloeiende exemplaren. Uit praktisch oogpunt kan slechts een beperkt aantal plantensoorten worden gekarteerd: vooraf wordt een lijstje opgesteld van plantensoorten die relevant zijn om in kaart te brengen. Dit kunnen bijvoorbeeld indicatorsoorten zijn: soorten die een bepaald milieu, proces of beheer indiceren. De voorkomens geven samen een beeld van de omvang en verspreiding van de populatie van een geselecteerd aantal soorten in een gebied.
In Hoofdstuk 1.1 wordt ingegaan op het verschil tussen flora en vegetatie, terwijl Hoofdstuk 1.2 het verschil in indicatieve waarde van plantensoorten en vegetatie bespreekt. Kartering van soorten vormt een waardevolle aanvulling op kartering van vegetatie. Het kan aangeven waar zich binnen vegetatietypen de meest bijzondere of meest soortenrijke plekken bevinden. Het voorkomen van bepaalde soorten kan duiden op te verwachten ontwikkelingen in vegetatietypen, of op overgangsmilieus op de grens van verschillende vegetatietypen. Ook kunnen soorten invulling geven aan het begrip ‘kwaliteit’ van vegetatietypen of habitattypen: de soortenrijkdom of de mate waarin zeldzame, endemische of bedreigde soorten in een vegetatietype voorkomen kan bijvoorbeeld als indicator worden genomen.
Voor- en nadelen: Het betreft een relatief efficiënte (snelle, goedkope) methode, waarbij de benodigde inspanning wel afhangt van het aantal plantensoorten dat gekarteerd moet worden. Ook speelt een rol in hoeverre er meerdere inventarisatierondes per jaar moeten worden uitgevoerd, bijvoorbeeld speciaal voor vroeg bloeiende soorten (voorjaarsbloeiers in bossen, dotterbloemen in rietland, etc.). De methodiek geeft een goed inzicht in botanische kwaliteiten, maar om indicaties van processen in beeld te krijge, waar maatregelen aan gekoppeld kunnen worden, geeft informatie over de vegetatie doorgaans meer informatie.
In Hoofdstuk 2.6 wordt uitgebreid ingegaan op de werkwijze en technieken bij soortskartering, evenals op enkele problemen die hierbij spelen.