De meeste toepassingen zullen in andere hoofdstukken worden besproken. Maar gerelateerd aan het verzamelen van informatie, worden genetische merkers in eerste instantie gebruikt bij de kwaliteitscontrole van de stamboominformatie: de verificatie van de afstamming. Het basisprincipe is dat zowel de vader als de moeder elk één allel van een genetische merker doorgeven aan hun nakomelingen. Met andere woorden: de allelen die bij de nakomelingen worden waargenomen, moeten bij de ouders terug te vinden zijn. Zie onderstaande figuur waarbij de pup de nakomeling is van de vader en de moeder. Als een allel in een nakomeling bij geen van beide ouders aanwezig is, is dit een duidelijke indicatie van een fout in de DNA-typering of een fout in de afstamming.
Fouten in de stamboom kunnen ontstaan door het verwisselen van ouders (of sperma) bij de dekking, onopgemerkte dekkingen, het verwisselen van jonge dieren kort na de geboorte of administratieve fouten. Uit ervaringen met afstammingscontrole is bekend dat 2 – 10 procent van de dieren een verkeerde stamboom heeft. Bij fokprogramma's met hoge kosten en dus hoge verkoopprijzen van nakomelingen wordt afstammingscontrole ten zeerste aanbevolen, vooral wanneer dieren in ook grote aantallen in een fokeenheid worden gehouden, waar gemakkelijk fouten kunnen optreden.