Van een klein percentage van het DNA kennen we de functie: het zijn genen die verantwoordelijk zijn voor de productie van eiwitten. Van het meeste DNA, dat zich tussen genen bevindt, weten we de functie niet. Toch zijn we in staat om in het lab verschillen te bepalen in de samenstelling van dit DNA. Verschillende moleculair genetische technieken worden gebruikt om genetische merkers op de chromosomen te vinden.
Soms is een genetische merker een allel van een gen dat een eiwit produceert. Dit wordt een functionele merker genoemd, die direct het functioneren van het eiwit beïnvloedt. Echter in de meeste gevallen is de genetische merker een stukje van het DNA waarvan we de functie nog niet weten. Het bevindt zich op een chromosoom dichtbij een gen en daarom gerelateerd aan één van de allelen van dit gen. Sinds men begon met moleculair genetisch werk in dieren hebben diergenetici veel werk verricht om genetische merkers te vinden. Daarvoor wisten ze alleen dat ouders één van hun twee allelen doorgeven aan hun nakomelingen, maar welke wisten ze niet. Met genetische merkers is het mogelijk op te sporen welk allel van de vader en welk allel van de moeder is doorgegeven aan de nakomelingen.