Het is heel belangrijk om fokprogramma’s niet alleen regelmatig te beoordelen op de gerealiseerde genetische vooruitgang, maar ook op de inteelttoename. Inteelt treedt op wanneer twee dieren, die een additief genetische relatie hebben groter dan nul, met elkaar gepaard worden. Hun nakomelingen zijn ingeteeld. Hun inteeltcoëfficiënt is gelijk aan de helft van de additief genetische relatie van de ouders. Inteelt kan leiden tot het optreden van recessieve erfelijke aandoeningen en tot inteeltdepressie. Inteelt leidt tot homozygotie op een groot aantal loci en daarmee verdwijnen gunstige effecten van dominantie die kunnen optreden op heterozygote loci. In dit opzicht is inteelt het tegenovergestelde van kruising. Bij kruising hebben we gezien dat het leidt tot heterosis, speciaal voor gezondheids- en vruchtbaarheidskenmerken. De signalen van inteeltdepressie zijn voor deze kenmerken ook meer uitgesproken. Voorbeelden van inteeltdepressie staan hieronder.
