Versies vergeleken

Sleutel

  • Deze regel is toegevoegd.
  • Deze regel is verwijderd.
  • Formattering is gewijzigd.

Genetische merkers bieden belangrijke toepassingen voor de dierfokkerij. De eerste is ouderschapcontrole. Dit is gebaseerd op het feit dat een vader en een moeder één van hun twee allelen van een genetische marker doorgeven aan hun nakomelingen. Dus, van de twee allelen die je vindt in een zoon of dochter, zou één aanwezig moeten zijn in de vader en één zou aanwezig moeten zijn in de moeder (zie voorbeeld).

Fouten in stambomen kunnen veroorzaakt worden door het verwisselen van ouders (of sperma) tijdens het paren, onopgemerkte paringen, het verwisselen van jonge dieren vlak na geboorte of fouten in de administratie. Ervaring met ouderschapscontrole leert dat 2 – 10% van de dieren een verkeerde stamboom hebben. In fokprogramma’s met hoge kosten wordt ouderschapscontrole aanbevolen, vooral wanneer dieren gehouden worden in grote aantallen en fouten dus gemakkelijk kunnen ontstaan.

Voorbeeld: ouderschapscontrole met 18 microsatellieten in honden (bron: “Het fokken van rashonden”, Kor Oldenbroek and Jack Windig, Raad van Beheer op Kynologsich gebied in Nederland) .

Twee teefjes genaamd Marjolein en Martha zijn geboren op dezelfde dag in dezelfde kennel. De eigenaar beschouwde Marjolein als de dochter van Lianne en Boris. In zijn ogen was Martha de dochter van Lieneke en Bart. Boris en Bart worden door een andere fokker gehouden. Lianne heeft op dezelfde dag gepaard met Boris als Lieneke met Bart. Zoals gewoonlijk vond er ouderschaps controle plaats met 18 microsatellieten (genetische merkers) om de stamboom te verifiëren voordat de officiële stamboom werd geprint.

DNA onderzoek van alle 6 honden is hieronder weergegeven met voor elke microsatelliet de twee bepaalde allelen:

Microsatellite

Marjolein

Lianne

Boris

Martha

Lieneke

Bart

1 AHT 121

102/102

102/102

97/102

97/102

97/102

102/102

2 AHT 137

149/151

147/151

128/147

147/149

149/151

149/151

3 AHTH 171

219/225

219/225

212/233

227/233

227/229

219/219

4 AHTH 260

254/252

254/246

252/250

252/244

244/244

252/244

5 AHTK 211

93/93

93/95

91/95

91/93

93/93

93/97

6 AHTK 253

284/288

288/290

288/288

288/288

286/288

284/288

7 CXX 279

126/126

126/128

124/128

124/128

126/128

124/126

8 FH 2054

152/152

152/164

152/156

156/160

152/160

152/156

9 FH 2848

230/234

234/234

230/230

230/230

230/230

230/234

10 INRA 21

97/101

97/101

95/101

95/101

95/97

95/101

11 INU 005

126/126

126/126

126/128

132/128

132/126

130/126

12 INU 030

144/144

144/150

144/144

144/144

144/150

144/144

13 INU 055

210/214

210/218

210/212

210/216

212/216

214/216

14REN162C04

202/204

200/202

200/204

202/204

200/202

200/204

15REN169D01

212/218

212/212

218/218

214/218

214/218

216/218

16REN169O18

162/164

162/162

164/170

164/170

164/168

164/168

17 247M23

268/268

268/270

268/272

268/268

268/274

268/274

18 54P11

226/226

226/236

226/232

226/226

226/232

226/234

...

Kijkend naar de allelen van Martha en Lieneke kun je concluderen dat het erg waarschijnlijk is dat zij dochter en moeder zijn. Bart kan alleen niet de vader zijn, gebaseerd op de microsatellieten 2, 3, 5, 11, 13 en 16.

Een vergelijking tussen de allelen van Marjolein met die van Lianne en Bart geeft aan dat Marjolein voort kan zijn gekomen uit een paring tussen Lianne en Bart en dat Martha voort kan zijn gekomen uit een paring tussen Lieneke en Boris. Blijkbaar is er iets mis gegaan tijdens het parenDeze merker bestaat uit een opeenvolgende herhaling van enkele (2 of 3) basen. De sequentie van de basen T en A kan bijvoorbeeld resulteren in een TATATATA, wat een viervoudige herhaling van TA is. Microsatelliet merkers (micros) hebben doorgaans 8 tot 30 of zelfs tot 40 herhalingen. Ze worden ook tandemherhalingen (tandemrepeats) genoemd. Elk verschillend aantal herhalingen wordt beschouwd als een allel van de micro. Micros kunnen heel veel allelen hebben en zijn daarom nuttig om genetische verschillen tussen dieren (en homologe chromosomen) te beschrijven. Voor veel gedomesticeerde diersoorten zijn zeer grote aantallen (duizenden) micro’s verkrijgbaar. In theorie zouden deze micro's ideaal zijn voor de meeste doeleinden waarvoor genetische merkers worden gebruikt.

In de praktijk kost het echter veel tijd en moeite om dieren voor veel verschillende micro's te genotyperen. De reden is dat de allelen van deze merkers in lengte verschillen en zo worden ze gegenotypeerd: door verschillen in lengte te identificeren. Elke micro heeft een duidelijke begin- en eindcode en op basis daarvan wordt het deel van het DNA geïdentificeerd met specifieke primers die de verschillende stukjes DNA op het genoom vinden. Voor elke verschillende micro zijn dus verschillende primers nodig en moet er een nieuwe analyse worden uitgevoerd.

Voor grootschalige genotypering zijn single nucleotide polymorphism (SNP) merkers ontwikkeld die veel gemakkelijker te automatiseren zijn voor grootschalige genotypering.