4.14.1 De microsatelliet merker (2024)

Deze merker bestaat uit een opeenvolgende herhaling van enkele (2 of 3) basen. De sequentie van de basen T en A kan bijvoorbeeld resulteren in een TATATATA, wat een viervoudige herhaling van TA is. Microsatelliet merkers (micros) hebben doorgaans 8 tot 30 of zelfs tot 40 herhalingen. Ze worden ook tandemherhalingen (tandemrepeats) genoemd. Elk verschillend aantal herhalingen wordt beschouwd als een allel van de micro. Micros kunnen heel veel allelen hebben en zijn daarom nuttig om genetische verschillen tussen dieren (en homologe chromosomen) te beschrijven. Voor veel gedomesticeerde diersoorten zijn zeer grote aantallen (duizenden) micro’s verkrijgbaar. In theorie zouden deze micro's ideaal zijn voor de meeste doeleinden waarvoor genetische merkers worden gebruikt.

In de praktijk kost het echter veel tijd en moeite om dieren voor veel verschillende micro's te genotyperen. De reden is dat de allelen van deze merkers in lengte verschillen en zo worden ze gegenotypeerd: door verschillen in lengte te identificeren. Elke micro heeft een duidelijke begin- en eindcode en op basis daarvan wordt het deel van het DNA geïdentificeerd met specifieke primers die de verschillende stukjes DNA op het genoom vinden. Voor elke verschillende micro zijn dus verschillende primers nodig en moet er een nieuwe analyse worden uitgevoerd.

Voor grootschalige genotypering zijn single nucleotide polymorphism (SNP) merkers ontwikkeld die veel gemakkelijker te automatiseren zijn voor grootschalige genotypering.