De grootste uitdaging voor de voedselproductie in de landbouw is de blijvende aanhoudende groei van het aantal mensen in de wereld. Dit aantal gaat naar verwachting groeien tot de wereldbevolking naar 9 miljard mensen in 2050 (United Nations Development Goals, 2005). Veehouderijsystemen Dierlijke productie systemen spelen een belangrijke rol bij het produceren van in de landbouw omdat ze voedsel van hoge kwaliteit voor dit grote aantal mensen. Daarbij zorgen landbouwhuisdieren in ontwikkelingslanden vaak niet alleen voor produceren. In ontwikkelingslanden leveren dieren niet alleen vlees, melk en eieren, maar ook voor vezels, meststof bemesting voor de gewassen, voor brandstof mest als brandstof en voor trekkracht. In deze landen ontwikkelingslanden vormen productie productiviteit en gezondheids fitnesseigenschappen de belangrijkste uitdaging om dieren te fokken die zorgen voor grootste uitdaging voor het fokken van dieren. Beide zijn nodig om de productie van voedsel en door dieren voor de voedselvoorziening van de mens te vergemakkelijken.
In ontwikkelende ontwikkelde landen met intensieve veehouderijsystemen zien we hele andere uitdagingen. Daar vragen gezondheid- en welzijnskenmerken ook om aandacht.Uitdagingen voor de fokkerij worden beïnvloed door een verscheidenheid aan factoren. Uitdagingen worden bepaald door de behoefte worden intensieve dierlijke productiesystemen ontwikkeld waarbij dieren onder gecontroleerde omstandigheden worden gehouden en dieren worden beschermd tegen ziekten. Deze systemen vergen veel arbeid en verhogen vaak niet het dierenwelzijn. Het verzoek vanuit de samenleving om betere gezondheids- en welzijnskenmerken creëert een nieuwe uitdaging voor veefokkers. Gezonde en robuuste dieren voldoen aan de vraag om het antibioticagebruik bij de veehouderij te minimaliseren. In deze landen is arbeid duur. Dit versterkt het belang van gezondheid en robuustheid (het pleit voor meer aandacht voor adaptieve eigenschappen in de fokkerij) en het stimuleert de automatisering van processen in de veehouderij.
De robuustheid van melkvee kan bijvoorbeeld worden beoordeeld door frequente melkproductiegegevens te analyseren, zoals geïllustreerd wordt in de volgende afbeelding:
...
Veerkrachtige (resilient), robuuste koeien vertonen minimale korte verstoringen (disturbances) in de melkgift (MY) na een stressvolle gebeurtenis, terwijl niet-veerkrachtige, niet-robuuste dieren in die situatie meer productieverlies vertonen over een langere periode.
Fokkerijuitdagingen worden beïnvloed door een breed scala aan factoren. Ze worden bepaald door de behoeften en prioriteiten van de eigenaren van de dieren, de consumenten van dierlijke voedselproductenproducten, de voedselindustrie voedingsindustrie en in toenemende mate ook door de samenlevingpublieke opinie. Het vinden van een goede de juiste balans tussen de verschillende behoeftes eisen is een continu proces . We moeten en vereist het inspelen op toekomstige vragen en omstandigheden en zorgvuldig plannen om een zorgvuldige planning van effectieve fokprogramma's te krijgen.
Uitdagingen voor het fokken van dieren in kleine populaties
In kleine populaties is de mogelijkheid om de voedselproductie door de dieren te verbeteren beperkt. Vaak worden in kleine populaties (bijna) alle dieren (zeker de vrouwelijke) gebruikt als ouderdieren om in de volgende generatie genoeg nakomelingen te krijgen. Hierdoor is het selecteren op productiekenmerken bijna onmogelijk. De belangrijkste zorg in kleine populaties is dan ook het behouden van een gezonde populatie door het behoud van genetische diversiteit en het managen van inteelt. Inteelt creëert een lagere fitness en verhoogt de kans op recessieve erfelijke gebreken; hier komen we later op terug. Dit houdt in dat in kleine populaties we maar beter zo veel mogelijk mannelijke en vrouwelijke dieren kunnen gebruiken om de volgende generatie te fokken. Het selecteren op fokdoelen is nauwelijks mogelijk in kleine populaties.