De grootste uitdaging voor de voedselproductie in de landbouw is de blijvende groei van het aantal mensen in de wereld. Dit aantal gaat naar verwachting groeien tot 9 miljard in 2050 (United Nations Development Goals, 2005). Veehouderijsystemen spelen een belangrijke rol bij het produceren van voedsel van hoge kwaliteit voor dit grote aantal mensen. Daarbij zorgen landbouwhuisdieren in ontwikkelingslanden vaak niet alleen voor vlees, melk en eieren, maar ook voor vezels, meststof voor de gewassen, voor brandstof en voor trekkracht. In deze landen vormen productie en gezondheids de belangrijkste uitdaging om dieren te fokken die zorgen voor de productie van voedsel en de voedselvoorziening. In ontwikkelende landen met intensieve veehouderijsystemen zien we hele andere uitdagingen. Daar vragen gezondheid- en welzijnskenmerken ook om aandacht.
Uitdagingen voor de fokkerij worden beïnvloed door een verscheidenheid aan factoren. Uitdagingen worden bepaald door de behoefte en prioriteiten van de eigenaren van de dieren, de consumenten van dierlijke voedselproducten, de voedselindustrie en in toenemende mate ook door de samenleving. Het vinden van een goede balans tussen verschillende behoeftes is een continu proces. We moeten inspelen op toekomstige vragen en omstandigheden en zorgvuldig plannen om effectieve fokprogramma's te krijgen.
Uitdagingen voor het fokken van dieren in kleine populaties
In kleine populaties is de mogelijkheid om de voedselproductie door de dieren te verbeteren beperkt. Vaak worden in kleine populaties (bijna) alle dieren (zeker de vrouwelijke) gebruikt als ouderdieren om in de volgende generatie genoeg nakomelingen te krijgen. Hierdoor is het selecteren op productiekenmerken bijna onmogelijk. De belangrijkste zorg in kleine populaties is dan ook het behouden van een gezonde populatie door het behoud van genetische diversiteit en het managen van inteelt. Inteelt creëert een lagere fitness en verhoogt de kans op recessieve erfelijke gebreken; hier komen we later op terug. Dit houdt in dat in kleine populaties we maar beter zo veel mogelijk mannelijke en vrouwelijke dieren kunnen gebruiken om de volgende generatie te fokken. Het selecteren op fokdoelen is nauwelijks mogelijk in kleine populaties.