Genetische merkers bieden belangrijke toepassingen voor de dierfokkerij. De eerste is ouderschapcontrole. Dit is gebaseerd op het feit dat een vader en een moeder één van hun twee allelen van een genetische marker doorgeven aan hun nakomelingen. Dus, van de twee allelen die je vindt in een zoon of dochter, zou één aanwezig moeten zijn in de vader en één zou aanwezig moeten zijn in de moeder (zie voorbeeld).
Fouten in stambomen kunnen veroorzaakt worden door het verwisselen van ouders (of sperma) tijdens het paren, onopgemerkte paringen, het verwisselen van jonge dieren vlak na geboorte of fouten in de administratie. Ervaring met ouderschapscontrole leert dat 2 – 10% van de dieren een verkeerde stamboom hebben. In fokprogramma’s met hoge kosten wordt ouderschapscontrole aanbevolen, vooral wanneer dieren gehouden worden in grote aantallen en fouten dus gemakkelijk kunnen ontstaan.
Voorbeeld: ouderschapscontrole met 18 microsatellieten in honden (bron: “Het fokken van rashonden”, Kor Oldenbroek and Jack Windig, Raad van Beheer op Kynologsich gebied in Nederland) .
Twee teefjes genaamd Marjolein en Martha zijn geboren op dezelfde dag in dezelfde kennel. De eigenaar beschouwde Marjolein als de dochter van Lianne en Boris. In zijn ogen was Martha de dochter van Lieneke en Bart. Boris en Bart worden door een andere fokker gehouden. Lianne heeft op dezelfde dag gepaard met Boris als Lieneke met Bart. Zoals gewoonlijk vond er ouderschaps controle plaats met 18 microsatellieten (genetische merkers) om de stamboom te verifiëren voordat de officiële stamboom werd geprint.
DNA onderzoek van alle 6 honden is hieronder weergegeven met voor elke microsatelliet de twee bepaalde allelen:
Microsatellite | Marjolein | Lianne | Boris | Martha | Lieneke | Bart |
1 AHT 121 | 102/102 | 102/102 | 97/102 | 97/102 | 97/102 | 102/102 |
2 AHT 137 | 149/151 | 147/151 | 128/147 | 147/149 | 149/151 | 149/151 |
3 AHTH 171 | 219/225 | 219/225 | 212/233 | 227/233 | 227/229 | 219/219 |
4 AHTH 260 | 254/252 | 254/246 | 252/250 | 252/244 | 244/244 | 252/244 |
5 AHTK 211 | 93/93 | 93/95 | 91/95 | 91/93 | 93/93 | 93/97 |
6 AHTK 253 | 284/288 | 288/290 | 288/288 | 288/288 | 286/288 | 284/288 |
7 CXX 279 | 126/126 | 126/128 | 124/128 | 124/128 | 126/128 | 124/126 |
8 FH 2054 | 152/152 | 152/164 | 152/156 | 156/160 | 152/160 | 152/156 |
9 FH 2848 | 230/234 | 234/234 | 230/230 | 230/230 | 230/230 | 230/234 |
10 INRA 21 | 97/101 | 97/101 | 95/101 | 95/101 | 95/97 | 95/101 |
11 INU 005 | 126/126 | 126/126 | 126/128 | 132/128 | 132/126 | 130/126 |
12 INU 030 | 144/144 | 144/150 | 144/144 | 144/144 | 144/150 | 144/144 |
13 INU 055 | 210/214 | 210/218 | 210/212 | 210/216 | 212/216 | 214/216 |
14REN162C04 | 202/204 | 200/202 | 200/204 | 202/204 | 200/202 | 200/204 |
15REN169D01 | 212/218 | 212/212 | 218/218 | 214/218 | 214/218 | 216/218 |
16REN169O18 | 162/164 | 162/162 | 164/170 | 164/170 | 164/168 | 164/168 |
17 247M23 | 268/268 | 268/270 | 268/272 | 268/268 | 268/274 | 268/274 |
18 54P11 | 226/226 | 226/236 | 226/232 | 226/226 | 226/232 | 226/234 |
Marjolein heeft voor microsatelliet 1 (AHT 121) allel 102 in tweevoud. Dit allel is aanwezig in Lianne en in Boris. Voor microsatelliet 2 (AHT 137) heeft Marjolein allel 149 en 151. Allel 151 kan herleid worden naar Lianne, maar Boris (en haar moeder Lianne) heeft allel 149 niet! Voor microsatelliet 3 (AHT 171) heeft Marjolein de allelen 219 en 225, net zoals Lianne, maar Boris heeft 212 en 233. Als je doorgaat met checken van de microsatellieten kun je concluderen dat Boris niet de vader van Marjolein kan zijn op basis van de microsatellieten 2, 3, 5, 6, 7 en 13. Aan de andere kant is het erg aannemelijk dat Bart de vader van Marjolein is.
Kijkend naar de allelen van Martha en Lieneke kun je concluderen dat het erg waarschijnlijk is dat zij dochter en moeder zijn. Bart kan alleen niet de vader zijn, gebaseerd op de microsatellieten 2, 3, 5, 11, 13 en 16.
Een vergelijking tussen de allelen van Marjolein met die van Lianne en Bart geeft aan dat Marjolein voort kan zijn gekomen uit een paring tussen Lianne en Bart en dat Martha voort kan zijn gekomen uit een paring tussen Lieneke en Boris. Blijkbaar is er iets mis gegaan tijdens het paren.