In de ideale populatie is de inteelt laag, komen er geen mutaties met een slechte uitwerking naar boven en treedt het verlies van allelen, die een lage frequentie hebben, niet op. Daarom is de ideale populatie een grote populatie en worden veel mannelijke en vrouwelijke dieren ingeschakeld als ouders voor de volgende generatie. Hierdoor wordt het gedwongen paren van verwante dieren voorkomen, produceren de dragers van zeldzame allelen inderdaad nakomelingen en behoeven dragers van mutaties met een slechte uitwerking niet gebruikt te worden in de fokkerij.
De ideale populatie is groot: de wetenschappelijke literatuur pleit ervoor om meer dan 100 dieren te gebruiken als ouders voor de volgende generatie. Dit geeft de natuurlijke selectie de kans om de lijders aan erfelijke aandoeningen (door mutaties met een slechte uitwerking) uit te selecteren. Ook voorkomt dit grote aantal het verlies aan zeldzame allelen en zo wordt er een grote genetische variatie bewaard in de populatie.
Naast de omvang is de structuur van de populatie heel belangrijk in de ideale populatie. De structuur hangt onder andere af van de bijdrage die de ouders leveren aan de volgende generatie. Wanneer ze allemaal in gelijke mate nakomelingen geven (goed verdeeld) dan stijgt de verwantschap in de populatie niet meer dan nodig is. Als een paar vaderdieren domineren als ouderdier dan stijgt de verwantschap in de volgende generaties snel met als gevolg dat vervolgens de inteelt ook snel gaat stijgen. Zie ook de uitleg over genetische contributies in het hoofdstuk over paring (hoofdstuk 10).
Het aantal vader- en moederdieren en de variatie in de aantallen van hun nakomelingen bepalen voor een belangrijk deel de genetische samenstelling in de volgende generatie. De variatie in het aantal nakomelingen is van groot belang. In strak geleide fokprogramma’s wordt er naar gestreefd deze variatie zo klein mogelijk te houden: per geselecteerd ouderdier wil men hetzelfde aantal nakomelingen. Maar in veel diersoorten geven de moederdieren meer dan één nakomeling en dan is er meteen al sprake van een variatie in worpgrootte. In minder strak geleide fokprogramma’s bestaat er vaak een grote variatie in het aantal nakomelingen per vaderdier. Dat wordt veroorzaakt door een verschil in populariteit: kampioenen op keuringen worden vaak breed en ongelimiteerd ingezet als vaderdier. Het aantal dieren dat in verschillende mate bijdraagt aan de volgende generatie is van groot belang voor het management van een populatie wanneer je de inteelt terug wilt dringen.