Microbiologische besmetting. Organische mest bevat zeer veel bacteriën. Gelukkig veroorzaken het merendeel van deze bacteriën geen ziekten bij de mens. Van een paar soorten is wel bekend dat ze ziekten kunnen veroorzaken. Tot deze groep van ziekteverwekkers behoren sommige groepen van E. coli en Salmonella. Verder zijn ook van Listeria monocytogenes en bepaalde groepen Campylobacter bekend dat ze ziekten bij mensen kunnen veroorzaken. In laboratoria kan mest getest worden op eventuele aanwezigheid van ziekteverwekkers.
(microbiologische) Analyse. Test laboratoria kunnen de aanwezigheid en vaak ook de hoeveelheid van ziekteverwekkers in organische mest meten. Dit gebeurt door ziekteverwekkers onder specifieke omstandigheden op te kweken om deze te onderscheiden van de vele andere soorten van bacteriën die leven in mest. Dergelijke analyses vereisen daarom een zorgvuldig protocol om er zeker van te zijn dat het om de juiste bacteriegroepen gaat die ziekten bij mensen veroorzaken. Deze laboratoria zijn daarvoor gekwalificeerd en de uitkomsten van de analyses zijn betrouwbaar.