In principe heeft hennep een positieve invloed op de bodem en het bodemleven. Uitgaande van een goede uitgangssituatie zorgt het goed ontwikkelde wortelsysteem van vezelhennep voor de vorming van aggregaten en zuurstof in de bodem.
Hennep heeft houtachtige wortels terwijl aaltjes van zetmeel houden. Daardoor vermeerderen de populaties van pathogene nematoden en fungi in het algemeen niet met de teelt van hennep. Deze effecten zijn nog niet duidelijk zichtbaar (bij Ekoboerderij de Lingehof), en behoeven nader onderzoek.