Oppervlaktewater (openwater lichamen) staat in voortdurende verbinding met de omgeving waardoor de kans op besmetting met ziekteverwekkers het grootst is. Water wordt afgevoerd en besmettingsbronnen stroomopwaarts hebben een effect op de waterkwaliteit bij het afname punt. Stroming hoeft niet altijd in dezelfde richting te zijn, bijvoorbeeld bij droogte kan het anders zijn dan bij regen. Rioolwaterzuiveringsinstallaties lozen op oppervlaktewater, maar ook vee, mestopslag bij openwater lichamen of het uitrijden van mest kan besmetting van oppervlaktewater tot gevolg hebben. Ook wilde dieren (o.a. water- en trekvogels) die bivakkeren in oppervlaktewater kunnen verantwoordelijk zijn voor microbiële besmettingen. Gedurende seizoenen zal de besmettingsgraad variëren afhankelijk van de weersomstandigheden en activiteiten die er rondom de openwater lichamen plaatsvinden. Temperatuur heeft invloed op de besmettingsgraad, maar ook andere weersfactoren zoals hevige regenval waarbij er riool overstort kan plaatsvinden. Houd er dus rekening mee dat de besmettingsgraad van oppervlaktewater nooit constant zal zijn en dat een éénmalige monstername, op een vast tijdstip in het jaar, nooit representatief hoeft te zijn voor de besmettingsgraad. Houd bij gebruik van oppervlaktewater de omgevingsfactoren in de gaten zoals benoemd in de richtlijnen van GLOBAL GAP versie 6.
