In veel fokkerijorganisaties moeten de paringen worden gecontroleerd door een DNA test wanneer de nakomelingen zijn geboren. Een belangrijke reden hiervoor is dat het de kwaliteit van de stamboomregistratie garandeert. Er zijn een aantal redenen waarom de stamboomregistratie van slechte kwaliteit kan zijn:
In sommige groepsparing systemen (zoals bij vissen) waar meerdere mannelijke dieren en vrouwelijke dieren samen gehuisvest zijn. De exacte afstamming van de nakomelingen kan dan alleen gevonden worden met een DNA check.
Wanneer veel nakomelingen worden geboren op (ongeveer) dezelfde dag, dan worden dieren niet altijd op tijd geoormerkt en dan kan een oormerk een dier met een andere afstamming aanduiden.
In grote graslandsystemen (bijv. Nieuw Zeeland) met melkvee, waar koeien worden geïnsemineerd met verschillende stieren in een periode van 6 weken, is het niet altijd duidelijk welk kalf bij welke koe hoort als de dieren worden opgehaald na geboren te zijn in het weiland zonder toezicht. In dat geval zijn beide ouders onbekend en daarom is een DNA onderzoek nodig om die weer te identificeren.
Wanneer conceptie mislukt worden vrouwelijke dieren opnieuw geïnsemineerd. Soms met sperma van hetzelfde mannelijke dier, soms met een andere. Omdat sperma enige tijd kan overleven in een vrouwtje, zal een DNA onderzoek duidelijk maken wie de echte vader is.
Aan het begin van een fokkerij programma zijn er weinig of geen afstammingen beschikbaar. Een uitgebreide DNA test (met veel SNPs bijvoorbeeld) kan worden gebruikt om te testen hoe verwant dieren met een incomplete stamboom aan elkaar zijn.
Om foute paringen te ontmoedigen. Vooral in situaties waar de paringen veel geld kosten, kan de eigenaar een alternatief dier willen gebruiken wanneer het aantal paringen de potentie van het gewenste mannelijke dier overschrijdt. Of wanneer de vruchtbaarheid van het mannelijke dier niet toereikend is. Vooral in het verleden, voordat de DNA testen beschikbaar kwamen, gebeurden deze falsificaties bij paarden.
Dus:
Om de stamboomregistratie nauwkeurig te houden kunnen de nakomelingen op ouderschap getest worden met een DNA test. Er zijn een aantal situaties waarin een DNA test de enige oplossing is om uit te vinden wie de ouders zijn.