Een fokprogramma begint bij de definitie van het fokdoel. Dit wordt gevolgd door het ontwerpen van een fokschema, wat ervoor zorgt dat het fokdoel gaat leiden tot een genetische verbetering in lijn met het fokdoel. De belangrijkste componenten van een gestructureerd fokprogramma zijn: een fokdoel met relevante kenmerken die om verbetering vragen, een verzameling van prestatiegegevens, een analyse van de data om de betere dieren te identificeren en het gebruik van deze superieure dieren als ouderdieren om een volgende generatie te produceren.
Een opmerking: kenmerken met een optimale waarde
Het doel van de meeste kenmerken die opgenomen zijn in het fokdoel is een continue verbetering, maar bij sommige kenmerken wil je juist graag een optimale waarde bereiken. Bijvoorbeeld bij het gewicht van een ei wil men alleen maar eieren tussen de 55 en 70 gram, omdat hier een markt voor bestaat. Het lichaamsgewicht van volwassen dieren is vaak positief gerelateerd aan de slachtwaarde, maar negatief aan voerefficiëntie. Hierdoor is het productie doel een hoge slachtwaarde met een lage voerkosten, waardoor het lichaamsgewicht van een volwassen dier een optimum heeft binnen veel vleesproductiesystemen.