Het feit dat dieren random (volgens toeval) gepaard worden is nogal essentieel. Dit is omdat niet-random paring de inteelttoename kan beïnvloeden. Inmiddels weet je dat een dier ingeteeld is wanneer zijn ouders verwant zijn.
...
Dus om inteelt te voorkomen, kun je proberen onverwante dieren met elkaar te paren. Dit werkt, maar is alleen een tijdelijke oplossing. Uiteindelijk zijn alle dieren toch verwant en dan is het paren van onverwante dieren niet meer mogelijk. De inteelttoename wordt dan hetzelfde als wanneer random wordt gepaard. De gevolgen van inteelt worden uitgesteld, maar niet voorkomen. Dit wordt weergegeven in figuur 11b.
...
Het is ook mogelijk om met opzet in te telen. Bijvoorbeeld, wanneer je een vader met zijn dochter paart en ook met zijn kleindochter. Dit wordt lijnfokkerij genoemd. Sommige fokkers doen dit omdat ze bepaalde positieve allelen van een superieur mannetje willen fixeren in hun fokpopulatie. In theorie lijkt dit aantrekkelijk. Inteelt vergroot de homozygotie, dus dit betreft ook positieve allelen. Helaas zijn er twee belangrijke redenen waarom je lijnfokkerij zou moeten vermijden. Als eerste worden alle dieren in de lijn ingeteeld, en dus homozygoot, voor veel en uiteindelijk alle allelen van de superieure voorouder. Echter, niet alle allelen zijn even gewild. De superieure voorouder is vrijwel altijd drager van een aantal recessieve aandoeningen die bij inteelt ook homozygoot kunnen worden in de nakomelingen. Het superieure dier hoeft niet te lijden onder de ziektes omdat hij zelf een heterozygote drager is. Zijn nakomelingen, die ingeteeld zullen zijn, kunnen wel homozygoot zijn. Ten tweede heeft lijnfokkerij (net als elke vorm van inteelt) een enorm verlagend effect op de genetische variatie in de populatie als de meeste fokkers meedoen aan deze selectiestrategie. Dit kan gevolgen hebben voor het aanpassingsvermogen van de populatie aan een veranderende omgeving in de toekomst. Het toegenomen inteelt niveau door fokbeslissingen kan teruggedraaid worden door weer random te gaan fokken. Dit wordt weergegeven door figuur 11c.
...
De voorbeelden in de figuren laten zien dat de inteelttoename op de lange termijn afhangt van de gemiddelde additief genetische verwantschap tussen de dieren in de populatie. Je kunt proberen inteelt te voorkomen of juist meer intelen door de selectiestrategie aan te passen. Echter, uiteindelijk zal de inteelttoename bepaald worden door de gemiddelde verwantschap tussen dieren.
...
Tot nu toe hebben we de toename van het inteeltpercentage achteraf geëvalueerd. Omdat het echter een indicatie geeft van de verwachte toename van de inteeltdepressie, zou het fijn zijn om de mate van inteelt in toekomstige generaties te kunnen voorspellen. Het voorspellen van de exacte toekomst is niet mogelijk, maar je kunt wel een schatting maken. Een eenvoudige formule om enig idee te krijgen van het effect van selectiebeslissingen op het aantal fokdieren is:
...
Met andere woorden: als je weet hoeveel mannetjes en vrouwtjes er voor de fokkerij worden gebruikt, kun je voorspellen wat de toename in de inteelt zal zijn. Uiteraard zal de exacte toename van de inteelt afhangen van de genetische relaties tussen de dieren, en daar wordt in deze formule geen rekening mee gehouden. De toename van de inteelt hangt meer af van de populatiegrootte dan van de paringsstrategie. Deze formule geeft je wel een benadering, ervan uitgaande dat deze getallen jouw populatieomvang vertegenwoordigen en uitgaande van de afwezigheid van selectie en geen grote variatie in familiegroottes.
Laten we bijvoorbeeld uitgaan van een populatie van 3000 dieren. Maar slechts 20 mannetjes en 300 vrouwtjes nemen deel aan de fokkerij. Elk vrouwtje krijgt 10 nakomelingen. Wat is het inteeltpercentage in deze populatie?
Antwoord: ook al is de populatie 3000 dieren groot, er nemen er slechts 320 deel aan de fokkerij: 20 mannetjes en 300 vrouwtjes. Als je dat in de formule invult, krijg je een voorspeld inteeltpercentage van 1/(8*20) + 1/(8*300) = 0,0067 = 0,67%.
Dus het fokken met 20 mannetjes en 300 vrouwtjes, dat zijn 320 fokdieren, resulteert in een inteeltpercentage van 0,67%. Zou het uitmaken hoe deze 320 dieren verdeeld waren over mannetjes en vrouwtjes? Probeer het zelf. Wat als je 160 mannen en 160 vrouwen zou gebruiken? En wat als je 2 mannetjes en 318 vrouwtjes zou gebruiken? Je zult ontdekken dat hoe schever de verhouding tussen mannelijke en vrouwelijke fokdieren is, hoe hoger de mate van inteelt is.
Hoe zit het met de populatieomvang? Zou dat er toe doen? Wat als je slechts één mannetje en één vrouwtje zou gebruiken voor de fokkerij? En hoe zou het inteeltpercentage veranderen als je dat aantal zou verhogen naar 10 mannetjes en 10 vrouwtjes? Of 100 mannetjes en 100 vrouwtjes? Je zult ontdekken dat in zeer kleine fokpopulaties de inteelttoename niet onder controle kan worden gehouden door gelijke aantallen mannetjes en vrouwtjes te gebruiken voor de voortplanting.
Tot nu toe hebben we aangenomen dat de familiegrootte, dus het aantal nakomelingen bij mannetjes en vrouwtjes, voor alle families gelijk is. In de praktijk is dit niet het geval. De mate van inteelttoename wordt het meest beïnvloed door de grootste familie, omdat zij in de volgende generatie(s) het grootste aandeel zullen hebben. We hebben ook aangenomen dat de populatiegrootte over de generaties heen constant blijft. In de praktijk is dit misschien niet altijd het geval. Populaties kunnen in omvang afnemen als gevolg van bijvoorbeeld een afname van de populariteit of een uitbraak van ziekten. Ze kunnen in omvang toenemen door bijvoorbeeld een toename in populariteit of een kleinere sterfte dan verwacht.
Dus de snelheid van inteelt hangt af van een combinatie van: 1) de verhouding tussen het aantal mannelijke en vrouwelijke fokdieren, 2) het aantal mannetjes en vrouwtjes waarmee gefokt wordt, 3) de variatie in familiegrootte en 4) de fluctuaties in de omvang van de populatie.