...
Dit ziet er erg ingewikkeld uit, maar BLUP volgt in zekere zin het eenvoudige genetische model P = A + E, en geeft bovendien schattingen voor systematische milieueffecten. Als dieren op het ene bedrijf bijvoorbeeld veel beter worden gevoerd dan op een ander bedrijf, dan zou het rangschikken van dieren op basis van hun gewicht de dieren van het bedrijf met de betere voeding ten goede komen. Genetisch gezien kunnen de dieren op beide bedrijven echter vergelijkbaar zijn. Zonder rekening te houden met deze systematische invloed van het bedrijf van herkomst, is het waarschijnlijk dat de dieren die het beste scoren vooral afkomstig zouden zijn van het bedrijf met het betere voer. Om de prestaties van de dieren beter te kunnen vergelijken op hun genetisch potentieel is het belangrijk om rekening te houden met dit bedrijfseffect, en dit is wat BLUP doet (als je de informatie verstrekt over op welk bedrijf elk dier gehuisvest was). Het principe van BLUP is om het gemiddelde gewicht van de dieren op elk bedrijf te bepalen en het verschil met de dieren op het bedrijf met het hoogste gewicht ervan af te trekken. Dus als de dieren op boerderij 1 100 kg wegen, en op boerderij 2 120 kg, dan ‘straf’ je de dieren van boerderij 2 door 20 kg van hun gewicht af te trekken, als de genetische aanleg hetzelfde is.