Bij veel diersoorten die door mensen gebruikt worden, hebben fokprogramma’s een eenvoudige structuur. Voorbeelden daarvan zien we bij honden, paarden en vlees producerende schapen en geiten. In deze fokprogramma’s vindt er een strenge selectie plaats van mannelijke dieren, omdat je biologisch gezien maar een klein aantal mannelijke dieren nodig hebt om de volgende generatie te produceren. Er is slechts enige selectie onder de vrouwelijke dieren, maar dit is weinig effectiefomdat de meeste nodig zijn om vervangende vrouwelijke dieren voort te brengen. Bij deze diersoorten zijn de fokdieren (vooral de vrouwelijke dieren) in handen van individuele eigenaren welke die hun eigen beslissingen kunnen maken over selectie en paringhet wel of niet fokken met een vrouwelijk dier. Een gevolg hiervan is ook dat de fokdoelen vaak veranderen en niet altijd worden gehandhaafd, het registreren van eigenschappen en stambomen is vaak niet volledig , selectie en paring en selectie van ouderdieren voor paringen kunnen nauwelijks worden beinvloed. Dit resulteert in weinig genetische vooruitgang over generaties.
...
In de fokkerij van honden spelen shows een belangrijke rol in de selectie van mannelijke dieren. Een beperkt aantal reuen met het beste uiterlijk wordt gebruikt voor fokkerij, vaak zonder dat de fokkerijorganisatie daar grip op heeft. Tegenwoordig is de hondenfokkerij in discussie in de samenleving door de negatieve bijwerkingen van strenge selectie op een extreem uiterlijk en de hoge verwantschap tussen de dieren in de populatie wat leidt tot inteelt en hoge frequenties van genetische defecten.
...