Het schattingsmodel dat door het KFPS wordt toegepast voor de fokwaardeschatting is het BLUP-model (Best Lineair Unbiased Prediction). Bij het schatten van fokwaarden van hengsten wordt gecorrigeerd voor de genetische aanleg van de moeders van de nakomelingen. Andere effecten die in het schattingsmodel zijn opgenomen, zijn de leeftijd, de keurmeester, het geslacht en het moment van de keuring.
Elk paard in de populatie heeft een fokwaarde. Bij een veulen is de fokwaarde het gemiddelde tussen de fokwaarde van beide ouders. Later wordt de eigen prestatie van het paard in de fokwaardeschatting meegenomen en daarna de informatie van de nakomelingen. Hoe meer beoordeelde nakomelingen een hengst heeft hoe minder de informatie van het dier zelf en diens ouders meetellen. BLUP-fokwaarden worden geschat voor de lineaire- en waarderende exterieurkenmerken (gebaseerd op de informatie uit het lineaire scoren) en voor sportaanleg (gebaseerd op de informatie uit de ABFP-testen).
Feitelijk vindt alleen bij de hengsten selectie plaats. Alleen van goedgekeurde hengsten kunnen de nakomelingen in het hoofdregister geregistreerd worden. Bij de merries vindt indirecte selectie plaats via een premie en predicatenstelsel om te stimuleren dat de betere merries frequenter voor de fokkerij worden ingezet.
Hengstenselectie
De hengstenselectie bestaat uit twee fasen. In de eerste fase worden hengsten goedgekeurd op basis van de eigen prestatie, tijdens de Hengstenkeuring en het Centraal Onderzoek of middels het verkorte onderzoek. In de tweede fase worden de goedgekeurde stamboekhengsten beoordeeld op hun nakomelingen om vast te stellen of ze inderdaad nakomelingen van goede kwaliteit leveren.
Hengstenselectie Centraal Onderzoek
De Hengstenkeuring kent een tweetal bezichtigingen. Na de tweede bezichtiging worden de hengsten aangewezen voor de voorrijdagen. De drie voorrijdagen vinden plaats in de zomermaanden voorafgaand het Centraal Onderzoek. Gedurende het gehele traject worden de hengsten getoetst aan de ondergrenzen van de selectie. Na het laatste onderdeel, het Centraal Onderzoek, wordt op basis van het totaalbeeld van alle, tijdens het gehele traject beoordeelde criteria, een oordeel geveld over het wel of niet inschrijven van een hengst in het stamboekregister.
Verkort onderzoek
Met als doel de sportaanleg in de populatie te verbeteren, voorziet het beleid voor een apart selectietraject voor inschrijving in het stamboekregister, van (minimaal 8-jarige) hengsten met zeer hoge prestaties in de sport.
Nakomelingen onderzoek van hengsten
Hoewel het goedkeuren van (jonge) hengsten geschiedt op basis van de op dat moment beste informatie (pedigree en eigen prestatie), biedt dit geen garantie dat deze hengsten ook daadwerkelijk positief vererven. Om een goed beeld te krijgen over de werkelijke genetische aanleg van een hengst, moet een voldoende aantal nakomelingen beoordeeld worden. Het nakomelingenonderzoek bestaat uit het beoordelen van nakomelingen (zowel veulens als volwassen paarden) op exterieur, sportaanleg (20 nakomelingen worden beoordeeld in een ABFP-test), eventuele erfelijk afwijkingen, etc. Op basis van het nakomelingenonderzoek kunnen hengsten worden afgekeurd. De gegevens die voortkomen uit het nakomelingenonderzoek bieden waardevolle informatie bij de hengstenkeuze.
Merrieselectie
Feitelijk vindt er in directe zin geen selectie van merries plaats. Van alle in het hoofdregister ingeschreven merries worden de nakomelingen eveneens in het hoofdregister ingeschreven, ongeacht de kwaliteit van de merrie (mits het veulen afstamt van een door het KFPS goedgekeurde hengst).