Het uitgangspunt van samenwerking in de biologische voedselketen drukt zich ook uit in de organisatie van de biologische sector: de organisaties van de primaire producenten (landbouw), transport, opslag, verwerking en groothandel en de detailhandel (retail) werken samen in de koepelorganisatie Bionext. Bionext faciliteert de onderliggende verenigingen, organiseert de samenwerking in de keten, bevordert de ontwikkeling van de biologische sector met gezamenlijke campagnes maar bij voorbeeld ook met kennisopbouw, en behartigt de gezamenlijke belangen. https://www.bionext.nl/web/guest/organisatiestructuur
De drie geledingen in de biologische keten zijn georganiseerd in drie verenigingen binnen de koepel Bionext.
De biologische primaire producenten (land- en tuinbouwbedrijven) zijn georganiseerd in Biohuis. Daarvan zijn ruim 800 bedrijven lid, van de 1670 (2016). Die ruim 800 bedrijven vertegenwoordigen zo’n 80% van het areaal biologisch. Dat betekent dat vooral de grotere bedrijven lid zijn, en de kleinere bedrijven vaker niet. Binnen Biohuis vertegenwoordigen 15 subverenigingen de verschillende bedrijfstakken. Biohuis is verbonden met LTO-Noord en LTO-zuid: leden van LTO die biologisch werken zijn automatisch ook lid van Biohuis, en Biohuis vertegenwoordigt de biologische boeren binnen LTO. Er zijn bestuurlijke dwarsverbanden met beide LTO’s.
Van BioNederland zijn ongeveer 90 bedrijven lid, die gezamenlijk zo’n 70% van de omzet in de biologische verwerking en groothandel vertegenwoordigen.
In de BioWinkelverenieing is zo’n 50% van de zelfstandige biologische speciaalzaken vertegenwoordigd. Omdat de drie grote franchiseketens (Ekoplaza, Estafette en Natuurwinkel) wel lid zijn is het aandeel in de gezamenlijke omzet waarschijnlijk wel hoger dan 50%.
Voor een aantal productgroepen functioneren ketengroepen waarbinnen afspraken tussen ketenpartners kunnen worden gemaakt.