Het schattingsmodel dat door het KFPS wordt toegepast voor de fokwaardeschatting is het BLUP-model (Best Lineair Unbiased Prediction). Bij het schatten van fokwaarden van hengsten wordt gecorrigeerd voor de genetische aanleg van de moeders van de nakomelingen. Andere effecten die in het schattingsmodel zijn opgenomen, zijn de leeftijd, de keurmeester, het geslacht en het moment van de keuring.
Elk paard in de populatie heeft een fokwaarde. Bij een veulen is de fokwaarde het gemiddelde tussen de fokwaarde van beide ouders. Later wordt de eigen prestatie van het paard in de fokwaardeschatting meegenomen en daarna de informatie van de nakomelingen. Hoe meer beoordeelde nakomelingen een hengst heeft hoe minder de informatie van het dier zelf en diens ouders meetellen. BLUP-fokwaarden worden geschat voor de lineaire- en waarderende exterieurkenmerken (gebaseerd op de informatie uit het lineaire scoren) en voor sportaanleg (gebaseerd op de informatie uit de ABFP-testen).