Naast het feit dat de referentiepopulatie van voldoende grootte moet zijn, is het ook belangrijk dat deze populatie verwant is aan de testpopulatie om te verzekeren dat de verbanden tussen SNP's en de fenotypen ook in de testpopulatie bestaan. Hoe kleiner de genetische relatie tussen de referentiepopulatie en de testpopulatie is, des te meer verbanden associatie zullen verschillen tussen de referentie- en de testpopulatie. Dit wordt veroorzaakt door recombinaties tussen SNP's en de allelen die het effect in het fenotype bepalen. Ook met een kleine genetische relatie bestaan er nog steeds veel verbanden omdat de dieren in beide populaties van hetzelfde ras zijn, maar hoe meer de dieren verwant zijn, des te beter zijn de schattingen van de verbanden.
Dus:
De genetische relatie tussen referentiepopulatie en de testpopulatie is van invloed op de nauwkeurigheid van genomic selecton. Verbanden tussen SNP's en fenotypen kunnen verloren gaan over generaties. |
Omdat de genetische relatie tussen de referentiepopulatie en de testpopulatie nodig is, heeft de referentiepopulatie maar een beperkte levensduur. De nauwkeurigheid van de geschatte verbanden tussen de fenotypen en de SNP's vermindert over generaties. De voornaamste reden hiervoor is recombinatie tussen de allelen die het fenotype beïnvloeden en de SNP's. Hoe groter het aantal SNP's is dat gebruikt wordt bij het genotyperen van de referentiepopulatie, des te langer is de houdbaarheidsdatum. Maar het verband tussen SNP's en allelen zal toch verminderen over generaties. De enige oplossing is om de referentiepopulatie te updaten. Het is nog steeds onduidelijk wat de beste strategie is om de levensduur van de referentiepopulatie te verhogen. Zou de populatie heel groot moeten zijn in het begin? Of is het beter om kleiner te beginnen maar meer dieren toe te voegen naarmate de tijd vordert? En hoeveel dieren? Het is duidelijk dat hoewel de referentiepopulatie erg groot is, het essentieel blijft om regelmatig nieuwe dieren toe te voegen om de geschatte SNP verbanden te updaten.
Dus:
De referentiepopulatie moet regelmatig geüpdatet worden om de verbanden tussen de SNP's en de fenotypen te behouden. |