Verschillende genen zijn verantwoordelijk voor de variatie in vachtkleur die we bij paarden zien. Voor zover wij weten gaat het om elf verschillende genen. In principe komen alle kleurvariaties vanuit drie basiskleuren, die bepaald worden door combinaties van twee kleur genen, namelijk die voor zwart en vos. Voor de expressie van de zwarte kleur is een gen, dat wordt aangegeven met de letter E, verantwoordelijk. De recessieve homozygoot ee resulteert in de kleur vos. Het agouti gen (A) is verantwoordelijk voor de derde basiskleur, die van alle bruine paarden. Dit A-allel zorgt ervoor dat het zwarte pigment bruin kleurt. Bij bruine paarden blijven de manen, staart en onderbenen zwart.
Om de fenotypes en mogelijke genotypen samen te vatten:
Een zwart paard kan het genotype hebben: aaEE of aaEe
Een bruin paard kan zijn: AAEE, AAEe, AaEE of AaEe
Een vos paard kan zijn: aaee, Aaee of AAee
Dus:
Een paard met de genetische code ee is altijd een vos
Een zwart paard heeft altijd aa en minimaal één E
Een bruin paard heeft minimaal één A en minimaal één E
Extension-gen – basiskleur
E = zwart, dominant
Zorgt voor zwart pigmente = rood, recessief
Zorgt voor rood pigment
Agouti-gen – bruin
Heeft alleen effect op zwart pigment en is dus alleen zichtbaar op een paard met een zwarte basiskleur. (Een vos kan dus wel agouti dragen.)
A = aanwezigheid agouti, dominant
a = afwezigheid agouti, recessief
Bruin paard
E/E A/A
E/E A/a
E/e A/A
E/e A/a
Naast de basiskleuren (B, A en E) kunnen nog enkele andere genen de kleur van een paard bepalen. Enkele voorbeelden van deze genen worden hieronder weergegeven en geïllustreerd:
Schimmel
• Een schimmel veulen wordt geboren in de kleur die het zou hebben zonder het schimmel-allel en wordt geleidelijk aan een schimmel..
• Een schimmel heeft een grijze huid. Een paard dat wit geboren is heeft een roze huid.
• Er zijn veel verschillende varianten (voorbeeld: appelschimmel of roodschimmel)
• G = schimmel allel, dominant
• g = afwezigheid schimmel allel, recessief
Crème-gen
Het cream en pearl allel liggen op hetzelfde gen. 2x cream en 1x pearl is doordoor bijvoorbeeld niet mogelijk.
Cr = cream, dominant
1x Cr verdunt het rode pigment, 2x cream verdunt het rode en zwarte pigment.Prl = pearl, recessief.
Verdunt het rode en zwarte pigmentn = afwezigheid van Cr en prl, recessief
Prl kan ook tonen in combinatie met een Cr allel
Cream varianten
Paarden met dubbel cream hebben een roze huid en blauwe ogen.
Dun-gen
D = dun, dominant Verdunt het rode en zwarte pigment. Het hoofd, onderbenen, manen en staart verdunnen niet. Zorgt voor wildpatronen. Bijvoorbeeld een aalstreep en wildstrepen op de benen.
nd1 = non-dun 1, recessief maar dominant over nd2 Niet echt dun, alleen de markeringen van dun.
nd2 = non-dun 2 Afwezigheid van dun.