De rhizosfeer is de zone in grond die wordt beïnvloed door de plant. Planten kunnen de microbiologische samenstelling van de bodem sturen door het uitscheiden van stoffen (wortel exudaten) en afgestorven wortel- en andere plant-gerelateerde delen en hiermee micro-organismen te voorzien van plaatsen voor aanhechting en mogelijkheden om planten binnen te dringen. Deze processen gezamenlijk leiden ertoe dat de microbiologische samenstelling in rhizosfeer grond wezenlijk verschilt ten opzichte van niet bewortelde (bulk) grond. Uitscheiding van eenvoudig afbreekbare stoffen in de vorm van suikers, organische zuren, aminozuren en andere stoffen zorgen voor aantrekking van bodemmicro-organismen (rekrutering), verhoging van de metabole activiteit en vermeerdering van micro-organismen. In het kader van transmissie van voedselpathogenen naar planten werd in het PPS project over transmissie van humaan pathogenen [kader 6] veronderstelt dat ziekteverwekkers zouden kunnen profiteren van het verhoogde voedselaanbod in de rhizosfeer. Dit bleek ook zo te zijn, wat resulteerde in hogere dichtheden en een aanzienlijk langere verblijftijd van ziekteverwekkers bij plantenwortels.