De Atlantische zalm produceert gemiddeld 15000 eieren, wat leidt tot zeer grote families waarin massa selectie op groei wordt uitgevoerd. De grote families bieden de mogelijkheid voor een hoge selectie-intensiteit. En bij deze onlangs gedomesticeerde soort bestaat er nog steeds een grote genetische variatie voor het kenmerk groei. Samen resulteert dit in 10-15 procent genetische winst voor groei per dag per generatie. In de aquacultuur voor zalm is ziekteresistentie het tweede kenmerk van het fokdoel. Selectie tussen families vindt plaats nadat van elke familie een aantal leden hebben deelgenomen aan challenge-tests voor een aantal ziekten. De kweekbedrijven willen om welzijnsredenen af van deze testen en doen veel onderzoek naar genetische merkers voor ziekteresistentie. Het eerste succes was de ontdekking van twee loci met vijf QTL’s die verantwoordelijk zijn voor de resistentie tegen infectieuze pancreasnecrose.
In de aquacultuur met de zalm wordt de selectie gecentraliseerd in een klein aantal kweekstations. In het broedstation bevrucht één mannetje de eieren van 3-5 vrouwtjes. Op deze manier worden families van volle- en halfbroers en zussen geproduceerd. De bevruchte zalmeitjes worden ongeveer een jaar in zoetwatertanks bewaard. In dat jaar ontwikkelen de eieren zich tot een zalm van 80-100 gram. Vervolgens worden ze naar zeelocaties vervoerd en in kooien in zout water gehouden tot ze worden geslacht op de leeftijd van 4 jaar en met een gewicht van ongeveer 4,5 kg. Door de hoge genetische vooruitgang in groei neemt de leeftijd bij slachtenaf.
De inteeltdepressie bij vissen is hoog vergeleken met die van zoogdieren die als landbouwhuisdieren worden gehouden: 3-6% per 10% inteelt. Daarom is de identificatie van individuen die worden geselecteerd voor de fokkerij erg belangrijk. Identificatie van individuele zalm met merkjes was moeilijk. Aanvankelijk werd dit opgelost met koudbranden en finnclipping, Tegenwoordig worden elektronische PIT-tags in de buikholte ingebracht. De afstamming kan ook worden gecontroleerd door genetische merkers. Voor zeebaars, zeebrasem en tong is dit de enige optie omdat zij zich op natuurlijke wijze in groepen voortplanten.