In veel fokprogramma’s is de registratie van kenmerken duur en daarom is het aantal dieren waarvan kenmerken geregistreerd worden klein ten opzichte van het aantal dieren in de hele populatie. In dit geval wordt de genetische vooruitgang gerealiseerd met een beperkt aantal dieren waarin selectie plaatsvindt. Daarna worden geselecteerde dieren gebruikt om de gerealiseerde genetische vooruitgang te verspreiden over de gehele populatie. De selectie van een beperkt aantal dieren, de vermeerdering in de volgende generatie(s) met veel meer dieren en de productie van de ‘productiedieren’ in heel grote aantallen in de laatste generatie leidt tot een piramide structuur van een dergelijk fok- en productieprogramma.
De verspreiding van de selectie resprons hangt af van de structuur van de fokprogramma’s. In commerciële varkens- en pluimveeprogramma’s vindt selectie plaats in de top van het fokprogramma. Via een paar ‘vermeerderingsgeneraties’ wordt de selectierespons, die behaald is in de top, verspreid onder de dieren die vlees of eieren produceren. Hieronder zie je de structuur van het pluimveefokprogramma van Hendrix-Genetics (ISA):
Binnen de commerciële fokprogramma’s, bijvoorbeeld voor kippen of varkens, wordt de selectie respons behaald in gespecialiseerde lijnen. In commerciële kippen (vlees) fokprogramma’s wordt vaak een vierwegkruising toegepast. De twee vrouwelijke lijnen worden geselecteerd op vruchtbaarheid en ei kwaliteit en de mannelijke lijnen op groei kenmerken. Kruisen resulteert in een groot aantal gezonde kippen door het volledige benutten van heterosis. In het kippen voorbeeld hierboven vindt de selectie plaats in de zuivere lijnen in een beperkt aantal overgrootouders. Wanneer de geselecteerde overgrootouders zich hebben vermeerderd, worden ze gekruist. Het generatie interval in de selectielijnen is zo laag mogelijk om de selectie respons te vergroten. De A*B kruisingslijn geeft de A*B F1 nakomelingen die grootouders zijn en de C*D kruisingslijn de C*D F1 grootouders. De zuivere lijnen en de F1 dieren zijn eigendom van de fokkerijorganisatie om de eigenschappen van hun lijnen en de genetische vooruitgang te behouden. Zij hebben de mogelijkheid, door het onderhouden van verschillende selectielijnen, om dieren te creëren die voor verschillende markten optimaal zijn en het geeft de mogelijkheid om snel te reageren op de veranderende vraag van de markt.
In commerciële varken fokprogramma’s wordt gewoonlijk de driewegkruising toegepast. Zie bijvoorbeeld het programma van Hypor in 2014:
