De selectie van partners kan gericht zijn op het compenseren van tekortkomingen. Bijvoorbeeld, een merrie kan superieure basisgangen hebben, maar haar benen kunnen wat slechter zijn. De partnerhengst zou dan perfecte benen moeten hebben, het liefst met het bewijs dat zijn nakomelingen dat ook hebben. Zijn benen zouden dan belangrijker zijn dan een sterke draf, omdat de merrie dat door kan geven aan het toekomstige veulen. Een andere merrie kan perfecte benen hebben maar een wat mindere galop, dan moet de partnerhengst een uitmuntende galop hebben maar kan wat mindere benen hebben. Tenminste, dat is het idee achter compensatieparingen. Specifieke paringskeuzen voor elk vrouwelijke dier zodat de nakomelingen van de best mogelijke kwaliteit zijn. Een praktisch advies voor fokkerijorganisaties zou zijn dat ze eerst de ouders moeten selecteren die de genetische vooruitgang geven en daarna kunnen de fokkers de compenserende paringen uitvoeren.
Echter, ook al klinkt dit heel logisch, er is geen garantie voor succes! Het is duidelijk dat met compensatieparingen de fokkers nog steeds verschillende fokdoelen hebben waarop zij hun partnerkeuze op baseren. Aspecten van mindere kwaliteit kan in het ene vrouwelijke minder belangrijk worden gevonden dan in de andere. Natuurlijk is het niet waarschijnlijk dat alle additieve effecten van alle paringsbeslissingen in een populatie in dezelfde richting wijzen en dat paringsbeslissingen resulteren in extra genetische vooruitgang.
Op individueel niveau zijn er een aantal factoren die de verwachte resultaten van de paringskeus kunnen beïnvloeden:
Mendelian Sampling. Deze introduceert een factor van kans, zelfs als je de EBV van de vader en de moeder heel nauwkeurig weet.
Pleiotropische (een gen beïnvloedt meerdere eigenschappen) en epistatische (gen-gen interactie) effecten. Het is mogelijk dat een eigenschap, bijvoorbeeld basisgangen in paarden, wordt beïnvloed door een gen dat interacteert met een ander gen. Als één van beide genen het verkeerde allel in de nakomelingen heeft dan zullen de basisgangen niet verbeteren.
Wat is de nauwkeurigheid van de informatie waarop de selectiebeslissingen gebaseerd worden? Bijvoorbeeld, maakt de erfelijke aanleg of de training een kampioen? Je moet jezelf deze vragen vooral stellen wanneer een nauwkeurige EBV ontbreekt.
Dus:
Compensatieparingen houdt in dat je de beste partner vindt voor een individueel vrouwelijke dier dat haar tekortkomingen compenseert. Het kan een effect hebben op het individuele paringsresultaat, maar het heeft geen effect op populatieniveau: compensatieparingen leiden niet tot genetische vooruitgang in de populatie.