4.15.3 Genomic selection (2024)
- Tessa Jacobs
- Kor Oldenbroek
Een heel belangrijke toepassing van genetische merkers is genomic selection. Genomic selection is een vorm van merker-ondersteunde selectie waarbij een zeer groot aantal genetische merkers wordt gebruikt die het hele genoom bestrijken. In dit geval zijn alle kwantitatieve eigenschap loci (QTL) nauw verbonden op de chromosomen met ten minste één merker. Het grote aantal merkers wordt verkregen door gebruik van chips die grote aantallen Single Nucleotide Polymorphims (SNP’s) zichtbaar maken. De genomic selection is gebaseerd op de analyse van 10.000 tot 800.000 SNP’s. Dit grote aantal genetische merkers wordt gebruikt als input voor een genomische voorspellingsformule die de fokwaarde van een dier voorspelt.
Definities
Genomic selection is selectie op een eigenschap die van belang is met een zeer groot aantal genetische merkers die de meeste QTL-loci omvatten die verband houden met de eigenschap.
Een SNP is een polymorfisme van één nucleotide dat wordt veroorzaakt door een mutatie van een enkel nucleotide.
De bovenstaande figuur geeft het concept achter genomic selection weer. In de referentiepopulatie worden veel dieren gegenotypeerd en hun fenotypes zijn of worden vastgelegd. Met behulp van deze gegevens worden vergelijkingen (Prediction) ontwikkeld, waarin de relaties tussen de SNP’s en de fenotypische waarde worden vastgesteld, zodat ze de fokwaarden voorspellen. Deze voorspellingsvergelijkingen worden toegepast op een populatie kandidaten waarvan alleen het genotype (de SNPs) bekend zijn en nog niet de fenotypische waarden.
Een complicerende factor is recombinatie tussen SNP’s en QTL’s. Hierdoor neemt de voorspellende waarde van de SNPs af, omdat door de recombinatie het verband tussen de SNP en de QTL verbroken wordt. Dit betekent dat de waarde van dieren in de referentiepopulatie afneemt naarmate het aantal generaties tussen hen en de testpopulatie toeneemt (meer kans op recombinatie gebeurtenissen). De beste strategie is om de referentiepopulatie continu uit te breiden met DNA- en fenotypische gegevens van nieuwe generaties.