8.1.3: Genomic selection (2024)

Vanaf 2000 is genomic selection ontwikkeld. Fenotypen worden alleen van een select aantal dieren verzameld waarvan ook gedetailleerde genotypen bekend zijn. Vervolgens wordt die informatie gebruikt om het verband tussen de DNA-samenstelling van de dieren (bijvoorbeeld 60.000 SNP's) en het fenotype te schatten. Het basisidee is dat er twee groepen dieren zijn: een selecte groep met gedetailleerde fenotypen en genotypen, ook wel de referentiepopulatie genoemd, en een grote groep zonder die fenotypes maar met DNA informatie, ook wel de jonge selectie kandidaten genoemd. Alle dieren van zowel de referentiepopulatie als de jonge selectie kandidaten worden dus gegenotypeerd. In de referentiepopulatie worden de relaties tussen SNP merkers en fenotype geschat. Vervolgens worden die associaties gecombineerd met de genotypen van jonge selectie kandidaten om hun fokwaarden te voorspellen.

Open

De bovenstaande figuur illustreert het concept achter genomic selection. In de referentiepopulatie worden veel dieren gegenotypeerd en hun fenotypes geregistreerd. Met behulp van deze gegevens worden vergelijkingen ontwikkeld die de fokwaarden voorspellen. En deze voorspellingsvergelijkingen kunnen worden toegepast op een populatie van jonge selectie kandidaten waarvan alleen hun genotypen bekend zijn.

Genomic selection is erg handig wanneer fenotypen moeilijk of duur vast te stellen zijn. Denk aan bepaalde gezondheid gerelateerde kenmerken waarbij je het dier niet ziek wilt maken om het fenotype te kunnen meten. Of eigenschappen waarvoor dure apparatuur nodig is, zoals een CT-scan. Ook maakt genomic selection het mogelijk om dieren te selecteren op basis van een geschatte fokwaarde voordat ze de leeftijd hebben waarop je hun fenotypische waarde kunt vaststellen. Dit maakt (zeer) vroege selectie mogelijk en kan dus economische voordelen hebben, evenals een snellere genetische vooruitgang omdat dieren eerder als ouders kunnen worden gebruikt. Nadeel van genomic selection is dat de referentiepopulatie voldoende groot moet zijn om nauwkeurige relaties tussen genotype en fenotype te kunnen schatten. Deze moet ook regelmatig worden bijgewerkt (=nieuwe dieren moeten worden toegevoegd) omdat de geschatte verbanden tussen de SNPs en de genen die het fenotype bepalen verloren kunnen gaan als gevolg van recombinatie en/of mutatie.