8.10.5. MiXBLUP 3.0 (2024)

De afgelopen decennia zijn de mixed modelvergelijkingen gebruikt voor het schatten van fokwaarden bij dieren, waarbij gebruik werd gemaakt van fenotypen van de kenmerken die van belang zijn, samen met de stamboom. Met de introductie van genomic selection is het traditionele gemengde model uitgebreid om gelijktijdig fenotypische, stamboom- en genomische informatie te analyseren. Dergelijke modellen worden gewoonlijk genomische modellen met één stap (single step) genoemd. Momenteel bevat de genomische informatie die bij routinematige evaluaties wordt gebruikt de genotypen van enkele (honderd)duizend dieren voor ongeveer 50.000 of meer single nucleotide polymorphisms (SNPs). De integratie van dergelijke genomische datasets van grote aantallen gegenotypeerde dieren leidde tot nieuwe uitdagingen bij het oplossen van de gemengde modelvergelijkingen. Daarom zijn er in de literatuur verschillende benaderingen voor het oplossen van de eenstaps modellen voorgesteld en geïmplementeerd in software voor grote genomische evaluaties bij productiedieren (bijvoorbeeld voor de melkproductie bij melkvee). Het softwarepakket MiXBLUP 3.0 maakt het mogelijk om op efficiënte wijze genomisch verbeterde fokwaarden bij dieren te schatten met behulp van verschillende lineaire mixed-effect-modellen. MiXBLUP streeft ernaar gebruiksvriendelijk te zijn en tegelijkertijd efficiënte algoritmen te ondersteunen voor het oplossen van grote genomische evaluaties. Oorspronkelijk ontwikkeld voor de op stamboom gebaseerde modellen, is MiXBLUP uitgebreid naar vier verschillende benaderingen voor genomische evaluaties in één stap, waardoor gelijktijdige analyses van alle informatie voor zowel gegenotypeerde als niet-gegenotypeerde individuen mogelijk zijn.

Een groot voordeel van deze methode is dat alle beschikbare gegevens van verwanten, genomisch en fenotypisch worden opgeslagen in grote databases met daarin informatie uit verschillende bronnen en van verschillende generaties. Dit geeft de mogelijkheid om niet alleen op productiekenmerken te selecteren, maar tegelijkertijd ook op fitness- en welzijnskenmerken. Op deze manier draagt selectie van ouders inderdaad bij aan een evenwichtig fokdoel.